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化学药物研究所成立于2001年2月，拥有合成化学工作者30人，其中博士7人。
研发战略为以“仿创结合”的方式，主要致力于高难度的非专利药的开发，尤其是以具有排他性专利的制剂开发，并抓住机遇不失时机地开展创新药物的研究，打造具有鲜明特色的合成制药研发平台和工艺优化中试生产技术平台，努力成为中国新药研发的领跑者：
（1）手性药物与代谢物研究是国外发展趋势，手性药物开发也是我国新药研究与开发的一个新发展领域。目前该所开发的几个新药都是手性化合物或活性药物代谢物，有广泛的实用性与前瞻性。
（2） Me-too、Me-better药物研究也是化学药物研究所创新药物研究的发展方向，可以采用结构修饰的方法得到具有新的结构实体的药物。
（3）打造具有鲜明特色的合成制药研发平台和工艺优化中试生产技术平台，实现立体选择性合成、高压催化氢化反应、无水无氧反应、超低温反应等多种合成技术的广泛应用。
（4）非专利药（通用名药物）的研究是化学药物研究所的研究方向，采用新技术、新剂型，创造性地进行非专利药的研究，再以新技术的产品占领国外市场。
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